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请问祥音科技服务主要有包括哪些方面?

上海祥音肩负集成智慧、催化科技的使命,专注于服务生命科学研究者和搭建全产业链服务网络,致力于成为全球生命科学研究机构的首选合作伙伴。

依托丰富的服务经验、独特的科学技能和卓越的大数据处理能力,上海祥音旨在整合多组学为核心的各综合平台,改变生命科学的研究模式,协助全球合作伙伴更加便利地获得研发成果,加速整个生命科技相关各行业的发展,从而更快解决人类社会中的各类健康、农业、能源、环境问题,同时为投资者赢得更好回报。



请问科技服务的主要内容有哪些?

科技服务依托祥音生物世界先进的大规模测序、生物信息分析、细胞克隆、基因检测、分子育种等多种成熟技术平台,服务于生命科学研究的各个领域,为全球从事生命科学研究的科研人员提供高质量的新一代测序基因分型蛋白质谱Sanger测序Oligo合成生物云计算等标准化的生物技术外包服务。除此外,还可依据个性化需求提供定制化产品服务


如何减少新一代测序实验中的错误?
一般来说测序错误只要有三大类:样品制备、文库制备、测序成像。

针对样品制备来说,最重要的一点,样品信息是不能有错误的。虽然大家都觉得这是个低级错误,但是在芯片分析时,贴错标签和sample混淆是经常发生的,所以低级错误也是需要警惕的。
第二,DNA或RNA的降解,来源于组织自溶或细胞内DNA酶或RNA酶的异样释放;
第三,异源序列的污染,例如,那些支原体或异种移植的宿主;
第四,DNA起始量低。在PCR过程中,DNA起始量低的模板会以序列依赖的方式产生虚假的突变,主要是从G转变为A。

来源于文库制备的测序错误
1.样品污染:例如,实验环境不达标(交叉污染等);上一个样本的残留处理不当,对后续实验操作有影响;
2.PCR扩增错误。例如,扩增循环数过多会产生较大的bias,给后续的数据分析造成困难;引物设计不当,会造成大量的非特异性扩增;
3.引物偏向:例如,结合偏向,甲基化偏向导致错配的偏向;非特异性结合和引物二聚体的形成,发夹结构和干扰环,退火温度设置不当;
4.独家突变:例如,那些有重复区域或独家变异的错配而引入的突变;
5.嵌合读取;
6.条形码/接头错误:例如,接头污染,缺乏条形码多样性和不兼容的条形码。

来源于测序/成像的测序错误
1.用户错误:例如,流量槽过载引起的簇crosstalk
2.移像:例如,不完整的延伸以及多个核苷酸而不是单个核苷酸的添加;
3.“Dead”荧光基团,受损的核苷酸以及重叠信号;
4.序列背景:例如,富含GC,同源和低复杂度的区域以及均聚物;、
5.链的偏向;
6.机器故障:例如,激光器、硬盘、软件和流体系统出故障。


研究转录组的方法有哪些?
目前研究转录组的方法主要三种:基于杂交技术的cDNA芯片和寡聚核苷酸芯片,基于sanger测序法的SAGE(serial analysis of geneexpression)、LongSAGE和MPSS(massivelyparallel signature sequencing)、基于第二代测序技术的转录组测序,又称为RNA-Seq。

转录组测序比其他研究方法有哪些优势?
可以直接测定每个转录本片段序列、单核苷酸分辨率的准确度,同时不存在传统微阵列杂交的荧光模拟信号带来的背景干扰和交叉污染;不限物种,可以检测任意物种的全转录组;检测范围广;灵敏度高。

转录组测序需要多大的测序量才能得到有意义的结果?
转录组测序前,需要对物种转录组的大小进行评估,评估的标准是reference genome物种。
对于有参考基因库的样品来说,可以分析基因组信息,统计编码基因的个数,及其碱基数,从而估计物种转录组的大小,另外可以查询相关或相近物种转录组研究的文献作为参考。
对于无参考基因库的样品来说,只能参考相近物种的转录组大小。
(RPM即每百万reads中来自于某基因的reads数,考虑了测序深度对读段计数的影响。
RPKM是每百万reads中来自于某基因每千碱基长度的reads数。)